Bp Teodor Kubina, pierwszy biskup nowo powstałej diecezji, zlokalizował Seminarium Duchowne w Krakowie, przyłączając je do Wydziału Teologicznego UJ. W dniu 2 października 1926 r. pierwsi klerycy rozpoczęli studia na Uniwersytecie Jagiellońskim. Mieszkali w klasztorze OO. Bernardynów w Krakowie. W chwili otwarcia Seminarium liczyło 32 alumnów na trzech kursach (I-III). Ze składek wiernych i duchowieństwa diecezji wybudowano gmach seminaryjny przy ul. Bernardyńskiej 3 w Krakowie. W 1930 r. zamieszkali w nim już klerycy. Do 1954 r. klerycy byli studentami Wydziału Teologicznego UJ, w następnych latach istniało studium domesticum. Decyzją bpa Zdzisława Golińskiego, drugiego Ordynariusza Częstochowskiego WSD stało się samodzielnym Zakładem Naukowym (wrzesień 1957 r.). Na mocy umów z Papieską Akademią Teologiczną w Krakowie alumni Wyższego Seminarium Duchownego otrzymują stopień magistra teologii. W 1991 r. Seminarium przeniosło swoją siedzibę do Częstochowy. Nowy gmach został uroczyście poświęcony przez papieża Jana Pawła II w dniu 15 sierpnia 1991 r.